Microsoft IME 辞書ツールにある
「システム辞書の作成」は度のようなときに使うものなのでしょうか？

ご存知の方いらっしゃいましたら……。

ユーザー辞書は、読みなどの修正は可能ですが、
ユーザー辞書をシステム辞書に変換すると修正はできません。

ということは、よく使う特殊な内容の辞書（用語辞書）などを作成するときに便利です。
ユーザー辞書は1つしか参照できませんが、システム辞書だと15ファイルまで参照可能（IME2000の場合）。内容の修正は出来ないので他のマシンへの配布も可能です。

もちろん、自分専用の辞書でも構いません。自分だけの呼び方の辞書（例えば「みふ専用辞書」）などと名前を付けて、今あるユーザー辞書をシステム辞書に変換して使用するのも1つの方法です。
FD1枚に収まるくらいにしておくと、いつでもどこでもどのマシンでも自分の辞書を使用することができます。